Inspiré du film éponyme de Tim Burton, Alice au Pays des Merveilles ramène le joueur au Pays des Merveilles dix années après la première aventure d’Alice. Durant cette période le monde a bien changé. La Reine Rouge s’est emparée du pouvoir semant la désolation autour d’elle et tyrannisant ses sujets. Aidée par ses amis d’autrefois, Alice devra accomplir son destin en tuant le terrible Jabberwocky pour sauver l’Arrière Pays du joug de la Reine Rouge et de la destruction. Dans les versions Wii et PC, le joueur devra incarner tour à tour le Lapin Blanc, le Loire, le Lièvre de Mars, le Chapelier Fou et le Chat du Cheshire pour guider Alice à travers des niveaux magnifiques et farfelus fidèles à l’univers visuel du film de Tim Burton. Chacun de ces personnages possède un pouvoir particulier qui lui permettra de venir à bout de ses ennemis et de résoudre maintes énigmes jusqu’au combat final. Le lapin contrôle le temps, Le loir est un véritable petit ninja, le lièvre maîtrise la télékinésie, le chapelier se joue de la perspective, et le Chat rend les choses ainsi que lui-même visibles ou invisibles. Le jeu est jouable à un ou deux joueurs en coopération. Dans la version DS, le joueur contrôle le Lapin Blanc, la Chenille, le Chapelier Fou et le Chat du Cheshire à travers des décors à la patte graphique unique. Faite de cell-shading, d’aplats de noir et de couleurs, elle s’inspire des illustrations de Tim Burton et de ses œuvres précédentes. Comme dans les versions Wii et PC, le joueur devra mener Alice face à son destin en la défendant contre ses assaillants et en usant des capacités de ses compagnons : le temps pour le lapin, la gravité pour la chenille, la perspective pour le chapelier et l’invisibilité pour le chat.